公元1342年，埃蒂安·奥贝尔(Etienne Aubert)被任命为枢机主教(也称红衣主教)。之后不久，他就像教皇克雷芒六世和其他多位枢机主教那样，通过交换获得了属于圣·安德烈修道院的一片打谷场以为自己建造一座宫殿。这座长方形的宫殿就在目前的圣·约翰内院。1352年，他当选为教皇，称作依诺增爵六世。他在宫殿东面购得几块毗邻的土地并在那里建筑了施洗者圣·约翰小教堂和枢机主教大会议厅，后来大会议厅改建为修道士食堂，今天则成为一座剧场。在宫殿与枢机主教会议厅的小教堂之间修建了教皇的若干套房。小教堂的装饰则委托出生于意大利维泰博的锡耶纳派艺术家Matteo Giovannetti 完成，他还参加过阿维尼翁教皇宫的装饰工作。也是在同一时期，在宫殿的北部修建了所谓的教皇酒窖，宫殿与附属建筑的入口则设在南部后来称为“罗马派驻修道院代理人”的那座楼里。
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